•  数据库建设的背景

代谢组学是以生物整体、系统或器官的内源性代谢物质的代谢网络为研究对象,并运用多种分析手段包括核磁共振(NMR)、质谱(MS)、高效液相色谱仪(HPLC)等为核心的代谢分析技术体系。代谢组学已被广泛应用于生命科学、疾病诊断、药物安全性评价、药理研究、营养科学及中医药现代化等多个领域。

随着代谢组学分析及检测技术的进步,积累了大量代谢组学数据,有必要建立数据库对其进行管理与应用。目前,国外已建立代谢组学数据库,应用广泛的代谢组学数据库,如METLIN (metlin.scripps.edu) LIPID MAPS (www.lipidmaps.org),而国内尚未建立代谢组学数据库。因此,构建具有我国自主知识产权的代谢组学数据库对于国内相关领域的研究与应用具有极高价值。

  •  数据库建设的内容

本数据库系统采用计算机软件技术,设计并开发一套基于Web的代谢组学数据库软件系统(以下简称系统),将化合物基本信息、质谱数据、氢谱数据、碳谱数据、HPLC数据、代谢通路数据等进行综合管理、分析,进而实现数据挖掘、联机处理,为广大科研工作者提供更加全面、开放的代谢组学数据库。系统纳入“国家人口与健康科学数据共享平台”药学数据中心统一管理运行,为国家相关领域科研工作提供在线服务。具体来讲包括以下内容。

  1. 代谢组学数据库的标准化研究。

  2. 首先对国外代谢组学数据库进行调研,制定适合国内代谢组学数据库的规范,通过用户需求调研修改标准规范,通过代谢组学专家的讨论,对标准规范作进一步修订,最后初步确定代谢组学数据库的数据结构,编写数据元定义,为数据库系统软件的开发奠定基础。

  3. 数据库共享系统的开发。
    基于代谢组学数据库的数据结构,在药物信息学、计算机科学、药物分析学等多学科专家的共同努力下,应用最新的网络技术和数据库开发技术,开发数据库后台录入系统、数据审核系统、数据库前台展示与多功能检索系统。

  4. 数据资源建设。
    一方面,收集、加工、整合与标准化由本课题产生的代谢物、代谢物探针信息,通过后台数据录入系统上传、审核数据,并实现数据共享。另一方面,收集、加工、整合与标准化国内外已公开的代谢组学数据,并实现数据共享。